תהליכי טיפול ביולוגי דורשים סביבה מיקרוביאלית יציבה במערכת התגובה. זה בדרך כלל מחייב שמירה על ריכוז בוצה גבוה (MLSS) וזמן אחזקת בוצה מתאים (SRT) כדי להבטיח פירוק מספק של חומרים אורגניים וחנקן אמוניה. במקביל, איכות ההשפעה צריכה להיות מאוזנת ככל האפשר כדי למנוע עומסי הלם מוגזמים, שעלולים להשפיע לרעה על הפעילות המיקרוביאלית ועל יעילות הטיפול הכוללת.
תהליכי פעולת ממברנה דורשים בקרה קפדנית על הפרש לחץ טרנסממברני (TMP) ושטף הממברנה. שטף קבוע או פעולת לחץ קבוע משמשת בדרך כלל במהלך הפעולה, עם-ניטור בזמן אמת של שינויים ב-TMP כדי להעריך עכירות של הממברנה. אם הלחץ עולה או השטף פוחת, יש צורך בשטיפה לאחור בזמן או בניקוי כימי כדי לשחזר את ביצועי הממברנה ולמנוע עכירות בלתי הפיכה.
לבקרת עכירות ממברנה יש דרישות ספציפיות לתנאי אוורור והידראוליים. מערכת האוורור חייבת לספק ברציפות כוח גזירה מספיק כדי להפחית את שקיעת הבוצה על פני הממברנה; בו זמנית, זמן השמירה ההידראולי (HRT) ויחס ההחזרה צריכים להיות מבוקרים כראוי כדי למנוע הצטברות מוגזמת של בוצה או חוסר איזון בעומס המערכת. בסך הכל, דרישות התהליך של ממברנה ביוריאקטור מדגישות פעולת מערכת מאוזנת ובקרה מעודנת, שהן המפתח להשגת שפכים יציבים ותפעול-לטווח ארוך.