מודולי EDI מורכבים בדרך כלל ממספר מרכיבי מפתח הפועלים יחד לסטנדרטיזציה ואוטומציה של העברת הנתונים בין ארגונים. בגדול, ניתן לחלק אותם לשכבת המרת נתונים, שכבת שידור תקשורת, שכבת מיפוי עסקי ושכבת אינטגרציה של מערכת, כל אחת עם אחריות משלה.
מודול המרת הנתונים והמיפוי הוא אחד ממרכיבי הליבה של EDI. היא אחראית להמרת נתונים גולמיים ממערכות פנימיות ארגוניות (כגון נתוני ERP או CRM) להודעות EDI התואמות לפורמטים סטנדרטיים, כגון EDIFACT או ANSI X12. במקביל, היא אחראית גם על ניתוח הפוך של נתונים משותפים חיצוניים, והמרתם לנתונים מובנים הניתנים לזיהוי על ידי המערכות הפנימיות של הארגון. כללי מיפוי שדות וכללי אימות נתונים ממלאים תפקיד מכריע בתהליך זה.
מודול התקשורת והשידור אחראי בעיקר לשידור מאובטח של הודעות EDI בין ארגונים שונים. שיטות נפוצות כוללות רשתות VAN, פרוטוקולי AS2 או שיטות שידור מבוססות API-. מודול זה כולל בדרך כלל גם תורי הודעות, מנגנוני ניסיון חוזר וניטור מצב שידור כדי להבטיח מסירת נתונים אמינה גם בסביבות רשת מורכבות.
מודול שילוב וניהול המערכת משמש להטמעת יכולות EDI במערכות העסקיות הקיימות של הארגון. זה בדרך כלל משולב באופן עמוק עם מערכות ERP, WMS או ניהול שרשרת אספקה כדי להפוך תהליכים עסקיים לאוטומטיים כגון עיבוד הזמנות, משלוח והתאמה. במקביל, מודול זה מספק רישום, טיפול בחריגים וניטור, ומקל על מעקב וניהול של תהליכי חילופי נתונים עבור עסקים.