התצורה העיקרית של מודולי EDI סובבת בדרך כלל סביב שלושה תחומים: יכולת פעולה הדדית של תקשורת, עיבוד נתונים ושיתוף פעולה עסקי. זה מבטיח החלפה יציבה ומדויקת של נתונים עסקיים בין מערכות ארגוניות שונות. בפועל, תצורות אלו מושלמות בדרך כלל בתוך פלטפורמת אינטגרציה או תווך, ומותאמות אישית בהתאם לדרישות של שותפים שונים.
תצורת שכבת התקשורת מתמקדת בהגדרת שיטת הפעולה ההדדית ופרמטרי אבטחה, כגון שימוש בפרוטוקולי שידור כמו רשתות AS2, SFTP או VAN. זה גם דורש הגדרת מידע הזיהוי (מזהה שותף), האישורים, שיטות ההצפנה וכללי החתימה של שני הצדדים המתקשרים כדי להבטיח אבטחת נתונים ושלמות במהלך השידור. יתרה מזאת, הגדרות תור הודעות, מנגנוני ניסיון חוזר וכללי פסק זמן נופלים גם הם תחת סעיף זה, המשמשים לשיפור אמינות השידור.
נתונים ותצורה עסקית כוללת בעיקר הגדרות של סוגי הודעות, כללי מיפוי שדות וכללי המרת פורמטים. מבני נתונים שונים לעתים קרובות בין ארגונים, ולכן יש צורך בתצורות מיפוי כדי למפות שדות מערכת פנימיים לשדות סטנדרטיים של EDI. כללי הפעלה לעסקים מוגדרים גם הם, כגון הפקת הזמנות, משוב על משלוחים או מחזורי התאמה, המאפשרים להטמיע חילופי נתונים של EDI בתוך תהליכים עסקיים ספציפיים.